金元时期道教发生了显著的分化，主要表现为新道派的涌现和原有教派的变革。其中最显著的变化是出现了相继出现了全真、大道、混元、太一等教派。其中“混元”派是指在北宋，江南道教本以正一教为主干，而在元朝时又与全真教合宗。

在北方，全真、太一和大道三个新教派的出现，不仅丰富了道教的内涵，也使得道教在金元时期得到了更为广泛的发展和传播。

在金统治下的北方，这些新的道教派别初起时，都在民间流传，属于民间道教。这些新道派的出现，反映了当时社会政治环境的变化，以及道教为了适应新环境而进行的自我调整。

“全真教”是金朝统治北方的产物，主要由北方一些大地主所提倡和组成。全真教的出现虽然最晚，但其影响势力却是最大的，对道教从理论到活动方式都产生了重大影响，因此被称为道教史上的“鼎革”。“太一教”“大道教”也是金朝三大教派之一，创立于金朝初年，注重儒家伦理道德，所有掌教都要改姓萧姓。太一教在金朝上京地区有所传布，其特色在于崇重符箓，用于给民众治病、驱邪、避灾等。大道教的特色和具体实践方式在虽然在资料中难以查明，但作为当时道教的重要组成部分，对道教的发展和传播起到了重要作用。

这些新教派的出现，不仅促进了道教在金元时期的兴盛，也使得道教在理论和实践上都有了新的发展和创新。全真、太一和大道教的共同发展，为道教在金元时期的广泛传播和深远影响奠定了基础。

金元时期，道教在南方也经历了宗派纷起的局面，形成了新的教派格局。南方以符箓三山（指唐末宋初，道教中的天师道和上清、灵宝派分别以龙虎山、茅山、阁皂山为活动中心）为主，包括“神霄”“清微”“净明”等派别，其中最为显著的是“金丹派南宗”的崛起。金丹派南宗的特色在于其以内丹修炼为核心，主要活动地域在江南，因与北方的全真道相对，故称“南宗”。该道派的祖述源于五代至北宋时期的道士锺离权和吕洞宾，张伯端被视为开派祖师。张伯端之后，石泰、薛道光、陈楠、白玉蟾等人承传道法，形成了金丹派南宗的传承体系。白玉蟾在南宋时期组织了一个较为严整的道派，使得金丹派南宗得以正式确立。在组织与思想建设方面，白玉蟾的活动颇受道门称颂，其活动范围主要在江南地区，尤其是武夷山，其教义和修行方法对南方道教的发展产生了深远的影响。

在金朝和元朝的统治下，道教除了教派出现了分化，内部也出现了新的变化。原有教派的变革主要表现为儒释道三教合一思想的出现及以修持内丹术为主的金丹道派开始兴起。

三教合一是指儒教、释教（佛教）、道教三个教派的融合。对于此种现象，学者多以“三教合一统”而论之。然而，从三教并立到三教合一，必定有一个改革过程。到元、明期间“三教合一”一词的三教间关系已经具有内质的演变。

而金元时期三教合一思想的出现主要还只体现在全真教的实践和教义中。

全真教在金元时期其教义和实践中“三教合一”思想主要体现在以下几个方面：

在实践上，全真教在教义上融合了儒、释、道三家的思想，更强调“三教”的共同点。认为三教虽然各有其特色，但最终都指向同一真理。这种思想在全真教的经典和诗文中得到了充分的体现。

其二是出世思想实践。全真教强调出世思想，认为人生是“苦海”，家庭是“牢狱”，夫妻恩爱为“金枷玉锁”，鼓励人们看破功名富贵，学道炼丹，以离“苦海”。

其三是成仙信仰和修炼理论。全真教倡导“阳神”“真性”不死，认为人的肉体是会死的，但人的精神可以不死。在内丹修炼上，主张先性后命，以性兼命，强调澄心遣欲为真功，明心见性为首务。

持修内丹即“内丹术”。这种丹术是仙家一种重要的修炼方法。简言之，是以“天人合一”思想为指导，以人体为“丹炉”；以体内的精、气、神为“药物”，通过“炼己筑基、炼精化气、炼气化神、炼神还虚、炼虚合道”等步骤，而在体内凝炼结丹，以达成强身健体、延年益寿、甚至长生成仙的目的。

“金丹道派”原指秦汉以后重外丹“黄白术”的道派。黄白术即“炼金术”亦称“外丹术”，是以人工制造的药金和药银为原料，以炼制声称服后不死而成仙的丹药为主，二者合称“金丹术”。精于金丹术的道士组成了“金丹派”。唐末五代时内丹学兴起，而后外丹派和内丹派结合，称黄白术为“地元丹法”内丹术称为“人元丹法”，炼丹术则称为“天元丹法”。宋元以来丹派和道派合一，金丹派道教成为和经箓派道教分立的大道派。后世习出炼金丹术的道士尊崇八仙之一的曹国舅，所创立的道派名金丹派。

南宋和金的对立，让道教分为南北两个区域，此间涌现出了许多新的教派。但随着元朝的一统，各大道教派别逐渐融合起来，形成了天下道教南北融合成为正一和全真两大教派两大教派的局面。

综上所述，金元时期道教的发展经历了从新道派的涌现到原有教派的变革，以及在元朝统一后各大教派的融合，这一时期的道教发展呈现出多元化和统一化的双重特征。